La prima menzione della città etrusca di Marzabotto risale al 1550 quando frate Leandro Alberti nella Descrittione di tutta Italia ipotizzò l'esistenza di una città in Pian di Misano in base alla presenza di strutture murarie antiche ancora in vista, mosaici e monete.
Nel 1782 Serafino Calindri nel Dizionario Corografico Georgico Orittologico Storico dell'Italia osservava l'esistenza di muri di antichi edifici nel Pian di Misano dove documentava anche lo svolgersi di attività di scavo alla ricerca di preziosi materiali.
I terreni del Pian di Misano vennero acquistati nel 1831 da parte di G. Aria e da questo momento in poi ebbero inizio la raccolta e la conservazione dei materiali archeologici scoperti nel corso dei lavori agricoli.
Il primo rinvenimento vero e proprio risale al 1839 quando vennero portate alla luce ai piedi dell'acropoli 30 statuette di bronzo, seguite poco dopo da altri bronzetti e da alcune tombe del sepolcreto nord; nel 1856 verranno poi scoperti gli edifici sacri dell'acropoli.
Agli anni 1862-63 si data la prima campagna di scavo regolare relativa all'area meridionale del pianoro di Misano, finanziata da G. Aria e diretta dal conte G. Gozzadini, scopritore della necropoli di Villanova, mentre negli anni 1865-69 si colloca una seconda serie di scavi nei sepolcreti nord ed est.

 

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L'edificio D: tavola di V.A. Levi per E. Brizio

 

Entrambe le campagne di scavo furono prontamente pubblicate dal Gozzadini, il quale aveva maturato l'erronea convinzione di stare scavando un'enorme necropoli.
In occasione del V Congresso Internazionale di Antropologia e Archeologia Preistoriche tenutosi a Bologna nel 1871 si accese il dibattito scientifico sulla città: a dare una corretta interpretazione dei risultati di scavo fu G. Chierici, il quale sostenne che in Marzabotto si trovavano i resti di una città con strade, case, templi e sepolcreti.
Nel 1886 fu E. Brizio a curare l'ampliamento e il riordino di 5 sale della Villa Aria con funzioni di Museo e a dirigere anche, tra il 1888-89, la prima campagna di scavo finanziata dallo Stato e destinata al settore meridionale della città.

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Scavi ottocenteschi della necropoli Nord